Os principais objetivos gerais do programa são:

• Investigar os impactos das políticas publicas nacionais e estaduais sobre os municípios e as regiões;
• Analisar a contribuição das políticas públicas para o desenvolvimento socioeconômico e territorial sob a perspectiva da sustentabilidade e das redes produtivas;
• Observar os papéis exercidos pelos agentes significativos nos municípios e regiões;
• Caracterizar e analisar os processos de uso e ocupação do território e de utilização dos recursos naturais e suas consequências para o meio ambiente;
• Diagnosticar impactos econômicos, sociais e ambientais, com o objetivo de discutir medidas para conservar/restaurar os serviços ambientais;
• Avaliar agro ecossistemas familiares, com foco na segurança e soberania alimentar.

O programa visa a formar profissionais com as seguintes qualificações:

• Intervir com competência em processos sociais, planejar, formular, avaliar e assessorar a implementação de políticas e ações sustentáveis que vão ao encontro das necessidades atuais das administrações públicas, da reorientação da gestão pública e das estratégias de planejamento e gestão empresarial;
• Avançar na compreensão da interdisciplinaridade como elemento necessário às respostas que a sociedade espera das ciências e das pesquisas na contemporaneidade;
• Desenvolver estudos e pesquisas de caráter interdisciplinar, com visão sistêmica e ética, com compreensão multidimensional e domínio dos principais instrumentos conceituais e metodológicos essenciais para o estudo de problemas, processos e alternativas, referidos pela relação desenvolvimento territorial e meio ambiente;
• Atuar em gestão ambiental, em instituições formais e não formais;
• Pesquisar processos de conversão agroecológica;
• Atuar em gestão pública com destaque para políticas e experiências diferenciadas dos modelos convencionais;
• Interferir em práticas de mudanças dos paradigmas criados pelo desenvolvimento rural;
• Exercício da docência no ensino superior.

A proposta do Programa em Desenvolvimento Territorial e Meio Ambiente foi recomendado pela Capes em 2003, junto ao Comitê Interdisciplinar, como mestrado. O curso de doutorado foi autorizado em 2014, resultou do aperfeiçoamento da proposta inicial, tanto pela reafirmação de seu pressuposto básico, qual seja a noção de que a complexidade dos problemas gerados pela conjugação entre dinâmica do desenvolvimento territorial e meio ambiente impede os equacionamentos isolados das suas vertentes, remetendo necessariamente a uma abordagem relacional e sistêmica, quanto pelo encaminhamento de sua agenda de pesquisa envolvendo temas voltados ao estudo das relações entre Desenvolvimento Territorial e Meio Ambiente. A área de concentração em Desenvolvimento Territorial e Alternativas de Sustentabilidade tem, claramente, dimensão interdisciplinar, sendo sustentada por duas linhas de pesquisa: Dinâmicas Territoriais, Políticas Públicas e Vulnerabilidade Social e Território e Meio Ambiente, que se entrecruzam, explicitando a proposta interdisciplinar do curso. A experiência tem demostrado que o doutorado tem demanda e tem se revelado uma proposta inovadora no interior do Estado de São Paulo.